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四月十七日，续抄《四库全书》三份同时完工，分别贮扬州文汇阁、镇江文宗阁、杭州文澜阁。
乾隆四十九年（1784）以后，续缮三份全书相继抄成。总裁奏请将校对后业经进呈御览之书发交各该省，并将木匣纸绢一并发去，便于其就近照式装潢。江浙地方督抚也分别派员去京请领。到五十二年（1787）七月已领回四千余册，但由于乾隆皇帝在续缮三份书中发现有些书籍尚有悖谬之处没有进行削删处理，下令对内廷四阁和江南三阁续缮之书全面进行复勘，发书工作停止。
江南三阁中建成最早的是文宗阁。早在乾隆四十二年（1777），两淮盐政寅著领到颁贮扬州天宁寺行宫和镇江金山行宫的两部《古今图书集成》后，就曾奏请“于行宫内就高宽之处，仿佛天一规模，鼎建书阁，永远宝藏[3]”。乾隆四十四年（1779），位于江苏镇江金山寺行宫的藏书阁首先告成，乾隆皇帝赐名“文宗阁”，贮《古今图书集成》一部。第二年，扬州大观堂一侧的藏书楼相继告竣，赐名“文汇阁”，并赐“东壁流辉”匾，亦贮《古今图书集成》一部。这两座藏书楼贮藏《古今图书集成》之后，都留有不少空格，乾隆皇帝即命两淮盐政伊灵阿前往察看，若书格不够用，酌量再行添补，所需费用由两淮商人捐助。伊灵阿到两阁看过之后，奏明皇上，两阁所余空格甚多，足可以将来收贮《四库全书》。
文澜阁位于浙江杭州西湖孤山南麓圣因寺内，原为藏经楼，是乾隆四十七年（1782）后改建而成。阁在孤山之阳，左为白堤，右为西泠桥，地势高敞，可揽西湖全胜。阁外观二层，中层为左右耳房，实为三层。阁前有清池，池中耸立奇石，名仙人峰。东侧建御碑亭，西接游廊，外为垂花门，门内为大厅。旁有趣亭和月台。
江南三阁的规制，大体仍取法范氏天一阁，并仿照内廷四阁的结构。但也有与天一阁和内廷四阁最大的区别。因为江南三阁毕竟是敕建的地方建筑，各项工费也由商家捐办，不可能与内廷四阁完全照抄蓝本。以仅存的文澜阁而言，其规制虽也是上下六楹，用明二暗三的范式，但硬山式屋顶上覆盖的是民间建筑使用的黑瓦，仅用琉璃瓦镶嵌檐头。另外，江南三阁均无乾隆皇帝御制碑记文。
四库七阁，六阁皆有水，“渊”“源”“溯”“津”“汇”“澜”，唯独文宗阁是个例外。之所以都带“水”，是因为水能克火，书是最怕火的，加了水字旁，就等于给防火蒙上了一层神秘的色彩。但文宗阁之所以不带水，是因为这个阁是建在金山上的，当时的金山屹立江中，四面临江，自然就用不着再加个水字偏旁了。
乾隆四十九年（1784）二月，乾隆皇帝发布关于南三阁库书允许读者领出传写的谕旨：“原以嘉惠士林，俾得就近钞录传观，用光文治。第恐地方大吏过于珍护，读书嗜古之士，无由得窥美富，广布流传，是千缃万帙，徒为插架之供，无俾观摩之宝，殊非朕崇文典学，传为无穷之意。将来全书缮竣，分贮三阁后，如有愿读中秘书者，许其陆续领出，广为传写。《全书》本有《总目》，易于检查，只须派委妥员董司其事，设立收发档案，登注明晰，并晓谕借钞士子加意珍惜，毋致遗失污损，俾艺林多士，均得殚见洽闻，以副朕乐育人才、稽古右文之至意[4]。”
直到乾隆五十五年（1790）六月，经过“厘定蒇工，悉臻完善”的三份续缮库书，才正式颁发江南三阁。
江南三阁库书每册前页钤“古稀天子之宝”，后页钤“乾隆御览之宝”，各阁所收藏书种数、册数、函数并不完全相同。文宗阁所藏《四库全书》，计经部书九百四十七匣，五千四百零二本；史部书一千六百二十五匣，九千四百六十三本；子部书一千五百八十三匣，九千零八十四本；集部书二千零四十二匣，一万二千三百八十九本。另有《总目录》计二十二匣，一百二十七本；《简明目录》二匣，八本。又《钦定古今图书集成》五百二十匣，五千零二十本。此外还有《全唐文》《明鉴》诸书。文汇阁三层中，下层中间放置《古今图书集成》，书面用黄色绢；下层两旁贮经部，书面用绿色绢；中层贮史部，封面用红色绢；上层左侧贮子部，书面用玉色绢；右侧贮集部，书面用藕合色绢。其书帙多者，用楠木函贮之，一两册者则以楠木板片夹之，再以带束住。文澜阁第一层贮《古今图书集成》十二架，其后，左右分储经部书二十架。第二层储史部三十三架，第三层储子部书二十二架，左右分储集部书二十八架。经、史、子、集，每架四屉，子部、集部每架六屉，每屉各四撞，每撞各三函。每函有素绫牙签函套，置楠木匣收储。匣内衬香楠木夹板，册中冰麝樟脑包，可防虫蛀。江南三阁由两浙、江南都转盐运司掌管，设监理、编校、典守、司事等职，监理总管阁中事务，多由盐运使兼任。重门锁钥，一归文澜阁总管，一归运司衙门。
乾隆五十七年（1792）六月，皇帝谕示，允许士子到阁抄书，但不外借。五十九年（1794）仇养正任典守，开始阁书外借，每人每次最多借五册，半月内归还。
从乾隆三十八年（1773）二月开馆，到乾隆五十三年（1788）四月续缮三份全书告竣，逾十四个年头，终成七份《四库全书》。以全书册数计，每份约为三万六千册，七份总共二十五万二千余册。以全书页数计，文津阁二十九万一千一百页，七份合计约一千六百零三万余页。这项巨大的文化工程开销之浩繁，叹为观止。仅抄写各分全书所需纸张、笔墨等项，已难以数计。据宫中档案《乾隆朝报销册·乾隆四十七年分大出黄册》记，仅乾隆四十七年（1782）五月，全书处一次领取物品记录显示，计有“清水连纸二十一万二千九百七十一张，三号高丽纸八百十九张，山西呈文纸一万三千一百七十六张，竹料连四纸二十六张，川连纸六千八百五十五张，矾二斤四两三钱”，又“砂纸八千二百四十张，笔四百八支，裱料纸一千八百二十八张，黄笺纸二百张，鱼胶十两”。另外，还有数百名纂修官员的茶水、饭食等项开销，这些加起来会是一个庞大的天文数字。特别是缮录江南三份全书，誊录人员全部实行雇觅制，每一千字给银二钱五分，每份书平均“七万万三千零八十一万九千字”，三份书差不多二十二亿字，仅这项开销，就有五十多万两白银。
其时《四库全书》的相关工作并未停止，文渊、文源、文津各阁《四库全书》复校基本告竣，空函书籍的缮录随之全面展开。军机大臣奉令查核有待补写之空函书籍，并新纂各书。
空匣补写书单计有：
《御制文集》《御制诗集》《钦定宗室王公功绩表传》《钦定蒙古王公功绩表传》《钦定平定两金川方略》《钦定兰州纪略》《钦定皇朝通典》《钦定皇朝通考》《钦定皇朝通志》《钦定盛京通志》《钦定胜朝殉节诸臣录》《大清一统志》《开国方略》《满洲源流考》《蒙古源流考》《翻译五经四书》《历代职官表》《辽金元国语音义》《元史》《明史》。
其未经留空现在纂办及抄录各书：
《万寿盛典》《日讲诗经解义》《诗集乐谱》《翻译琴谱》《石峰堡纪略》《平定台湾纪略》。
以上各种，俟办成后按次序先后在各匣内归并排空添入。
乾隆皇帝谕示：“将空函书籍之有关事宜，并交武英殿办理。为强化稽查，今皇八子永璿及大臣彭元瑞、金简专责督办，并委派军机大臣定立期限，随时查核[5]。”
武英殿一时热闹起来。
武英殿总理缮写、校对、装函、上架等一应事宜。国史馆、方略馆、三通馆等处纂办各书，亦在缮录完成后，一并交武英殿校对装函。
五月十五日，《四库全书》馆宣布撤销。未尽事宜，交由武英殿办理。
但纪晓岚却没有感觉到丝毫的轻松，当月，他又赴热河校书去了。