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科学进程的里程碑
夏商周断代工程成果学术报告会结束后，“工程”办公室对有关会议的发言资料做了全面的收集和整理，除大会和分组讨论会上七十余名学者的发言外，还收集、整理了学者们于会后提交的近四十份书面意见。
1999年10月18日，“工程”召开了专家组组长会议，对收集到的意见做了归类和讨论，并提出了相应的处理方案。如对一些考古问题、商后期日月食的推算问题、金文历谱的排序问题，专家组认为，应尽可能参考并吸取正确内容以改进“工程”成果。对涉及不同学科存在的学术观点分歧，有的难以在短时间内形成统一的意见。如关于夏文化的分歧，对郑州商城、偃师商城等遗址历史名称的分歧，以及西周金文月相的分歧等。这些方面应采取兼听的态度，尽可能了解各方面的看法，但在报告中只能根据“工程”的研究成果采取一种意见。而对少数专家所提出的对“工程”采取的途径路线和方法等不够理解的意见，可以认为是这些专家未亲自参加“工程”，加之相关部门对“工程”宣传及说明做得不够到位造成的。同时《简稿》限于篇幅，只能以结论为主，对其他不可能做详细的说明，修订后的《简稿》应在这方面尽可能地加以改进。
就以上归纳和研究的方案，“工程”首席科学家采取了如下具体的改进措施：1。进一步加强常规14C和甲骨测年工作，具体落实所补充的测试内容，并根据进展情况做进一步研究。2。对西周王年所依据的七个支点的论证，进一步组织讨论，研究主要分歧。3。进一步加强对若干考古遗址的发掘和研究。4。在认真梳理、研究“报告会”中学者们的意见的同时，组织更强大的班子，对《简稿》进行全面修改，以达到尽可能完善的目标。
邓楠在观看夏商周断代工程成果展览（作者摄）
1999年11月26日，“工程”四位首席科学家就以上制订的具体措施向科技部邓楠等领导做了汇报。鉴于有些14C测年数据还需要继续测试，李学勤代表“工程”专家组提出将“工程”的验收推迟到2000年第一季度，这个请求得到了科技部领导的同意和支持。早在此前，邓楠就根据“工程”的进展情况，同领导小组成员进行了研究，最终决定调整原来制订的在新中国成立50周年（1999年10月1日）前完成的计划，并强调“工程”要放稳进度，一定要坚持科学性与客观性的原则，不要为急着赶国庆节的献礼而影响“工程”的质量。所以，邓楠在听取了汇报后，再次对四位首席科学家强调：“不赶进度，加强交流，召开一些会议，把工作做细；继续广泛、充分地听取意见，修改并充实《简稿》，列出各家观点，验收时还要补充附件。同时要加强科学精神、民主作风，实事求是，以诚待人。”
继这次汇报会之后，根据预定的方案，“工程”本着实事求是的科学精神，对已有成果进行了充实和修改。如针对报告会中，考古学家俞伟超、林法等学者提出的沣西H18灰坑的地层关系、14C测年数据与武王克商范围的界定等问题，“工程”专门召开专家组会议进行了进一步探讨和研究，并责成14C测年专家对商后期和西周初期的测定数据全部重新进行检查、排比、拟合。根据工作的情况，“工程”专家组认为原《简稿》中有些表达方式和14C测年数据不够精确，有必要重新修改。如《简稿》所叙述的“T1第四层与H18的交界，可作为商周间的界标”一说，确实是把两者之间的一条横线当成了分界，这种说法自然就不够科学，事实也并不如此。较准确的表达方式应该是：“作为先周文化晚期，即商代末期典型单位的H18和作为灭商后西周初期文化典型单位的T1第四层，为从考古学上划分商周界限，提供了理想的地层依据，武王克商之年应包含在这一年代范围内。”后来“工程”按这种说法对《简稿》进行了修改。在14C测年数据的一系列工作中，对沣西H18灰坑所出一组数据，用树轮校正曲线重新进行高精度扭摆匹配，得到武王克商年的范围为公元前1050—前1010年。而AMS法的测年数据则为公元前1060—前995年。这两组数据，跟《简稿》中所提的公元前1050—前1020年稍有差异。
当然，要确定武王克商的年代范围，以及商周的分界，正如“报告会”中考古学家俞伟超所言，沣西H18是个重要材料，但不是决定性的和唯一的材料。“工程”专家组经过深入探讨后认为，与推定武王克商年范围有较直接关系的考古遗址样品系列，除上述沣西H18的系列外，还有商后期的殷墟系列、西周的琉璃河系列和天马—曲村系列。经过对这些遗址系列样品的五十多个数据的重新检查、树轮校正和拟合匹配，将所得数据与沣西H18测年结果对比研究，再结合其他方面的材料，最后得出武王克商年的范围为公元前1050—前1020年。尽管这个数据同《简稿》相比没有改变，但其中的研究思路和方法却有了很大变化，而这种方法所得数据的科学性也较之以前有了很大进步和提高，并使所定武王克商年的范围更加扎实和可靠。
在“工程”对《简稿》进行修改、充实的过程中，首席专家除布置14C测年继续工作外，还根据“工程”需要，布置了一些新的考古发掘工作，如利用遥感技术对安阳“洹北商城”的探测、对河南密县的新砦遗址和陕西周原遗址进行发掘等。特别是对金文历谱的问题，根据考古学的类型学研究，进行了新的研究和新的调整。参加“工程”的考古学家、古文字学家以及天文历法专家达成了相当一致的意见。而其他若干问题，也在陆续召开的学术讨论会中得到了合理的解决。
李铁映（左一）、宋健（左二）分别在会上发表讲话（作者摄）
2000年4月24日，夏商周断代工程召开专家组扩大会议，就最新修订而成的《夏商周断代工程1996—2000阶段成果报告·简稿》（下称《简稿》）进行了全面讨论。会后，“工程”首席科学家又对《简稿》的具体细节再度做了修订，使《简稿》得到了进一步完善。
2000年5月11日，夏商周断代工程领导小组召开会议，邓楠、陈佳洱、韦钰、张文彬、江蓝生、刘恕、钱文藻（代表路甬祥）等领导小组成员，以及“工程”特别顾问李铁映、宋健等，共同听取了“工程”专家组的汇报。与会的领导人员对“工程”所进行的自然科学与人文社会科学相结合的实践，以及所取得的夏商周三代年代学成果，给予了充分肯定和高度评价。宋健在“喜颂初获，不恤闲言”的讲话中说道：“关于中国古代史，已经争论了两千多年。三代年代学的难度之大是众所周知的，当年孔夫子作《春秋》，就战战兢兢，没有把握，并产生了‘知我者春秋，罪我者春秋’的感慨。但是，两千多年来，对于中国文明历史的探索，成为中华民族历代学者和仁人志士所追寻的科学理想和怀有的伟大志向。每逢盛世，庙堂民间，就有人站出来为中国古代史的研究做出努力和贡献，其中不少鸿学硕儒为此耗尽了自己一辈子的生命。西汉的司马迁，唐代的张守节就是典型的代表。不过从司马迁到夏商周断代工程实施之前，对三代年代学的研究都是孤身奋斗，发奋而为，从没有像现在这样大规模地以多种学科相结合的阵容和方法来研究中国古代史。就我们正在进行着的夏商周断代工程而言，这是中国学术界第一次把大家团结起来，沿着共同方向，为一个目标而努力。我们应感谢四位首席科学家和参加‘工程’的历史学家、考古学家和各个学科的自然科学家。正是大家的同心合力，才取得了这样一个阶段性成果，这不能不说是中国科学事业的一大进步。”
在谈到关于年代学研究的意义时，宋健列举了一个生动的个案对与会者说，“我今天把一个材料顺便给大家念一段，以说明‘工程’成果将可能产生的影响。20世纪30年代末，获诺贝尔文学奖的美国女作家赛珍珠，她生在中国，在中国生活了很多年，并做过南京大学（原中央大学）的教授。60年代初期，美国竭力反对和封锁正处于经济困难时期的中国。1962年，赛珍珠在华盛顿附近召开的一个会议上，针对美国的这种行为，发表了一篇公开演讲，她说道：‘各位，我知道中国，我在中国住过很多年，有很多朋友，我在南京教过书。我还记得我那些非常优秀的学生们，他们是在如何地奋斗、努力学习和掌握现代知识。……时常有人问，为什么这么高比例的中国人是卓越的人呢？是绝对卓越的人民呢？这是因为他们的历史很久，今年（1962年）是黄帝纪元4660年。在四千六百多年中，中国一代一代地经历过苦难、贫困、死亡，只有最强的人、最聪明的人才能留存下来，弱者都死光了。……我对达尔文的进化论是很信的，现在留下的中国人都是非常优秀的、杰出的、伟大的，值得尊敬的人。’在这篇演讲的第三段中，赛珍珠说，‘中国人是人类历史上杰出的一个民族，现在他们拼命地搞现代化建设，搞工业化建设。你们可以相信，他们会以闪电般的速度完成他们的工业化和现代化建设。……我认为美国对中国的政策是错误的。几年前，美国把通向中国的大门关闭了，应该尽快地开放，要和他们交流、对话。可以提建议、提批评，不能这样绝交。我相信，这件事必须在最近完成，否则是对一个伟大民族的污辱。’”宋健说：“赛珍珠讲的这段话现在看了仍令人感动。我过去没有读过她写的书，最近一位朋友帮我从亚马逊网站订了她写的三本书，赛珍珠记住了孙中山先生选定的黄帝纪元，并以这个年代为起始，论述了中国的历史和中华民族的优秀精神。从而可以看出，年代学对整个社会和世界人类都将产生潜在的、多方面的重大影响。所以，对中国古代史，应该坚定不移地继续研究下去。只要是科学的、真实的新发现、新理论，而不是假造的、无根据的臆想，都应鼓励和支持。当然，为了今后的发展，夏商周断代工程这个阶段性成果，在科学上要留有余地，所下的结论不要太绝对，这一点我是深为赞同的。”
继宋健之后，“工程”特别顾问李铁映在总结性的发言中讲道：“在中华文明史上，夏商周断代工程所取得的成果具有开创性和里程碑式的意义。在科学领域，自然科学的重要性早已为人们所认识，但对社会科学重要性的认识尚不充分。我想，人类首先要把自身的问题搞清楚，把自己生活于其中的社会搞清楚。社会科学的重要就在于它是关于人的自身、关于人类社会的科学。在20世纪末，特别是面临即将到来的新世纪，如何找到一条途径，进一步加强自然科学和社会科学的结合，并在国家的支持下，通过这种结合，卓有成效地对一些中国历史上的重大理论和学术问题进行探讨，是我国科学界面临的重大问题之一，而夏商周断代工程为我们提供了一个很好的范例。我相信，随着时间的推移，人们越来越会看到‘断代工程’这个成果的价值和意义。……由此，我建议，应该把夏商周断代工程的研究途径和方法，作为20世纪90年代末在探索中华民族的振兴之路，以及在社会主义现代化建设过程中，对具有同等复杂性和综合性课题进行研究的成功个案，推广到其他研究领域，以加快中华民族复兴的步伐。”
“工程”专题验收会会场（作者摄）
最后，李铁映讲道，“在充分肯定这项科研成果的同时，还要以科学的态度和发展的眼光，在对外公布时的文字表述上，诚恳地说明这是当代中国科学家目前所能达到的最高水平，并不是终极的真理。欢迎世界各地学者乃至我们的后人对成果加以修订和补充，使之更加准确和完善……”
这次会议结束之后，自2000年6月开始，夏商周断代工程各个课题相继通过国家科技部验收。
2000年9月15日，由科技部组织的“国家九五科技攻关计划夏商周断代工程项目验收会”正式召开，验收专家组由15人组成，分别是：
组长：陈佳洱国家自然科学基金委主任、院士
副组长：钱文藻中国科学院副秘书长、研究员
刘庆柱中国社会科学院考古研究所所长、研究员
成员：柯俊北京科技大学教授、院士
方守贤中国科学院高能所研究员、院士
刘家和北京师范大学史学史所教授
张岂之清华大学思想文化研究所教授
詹子庆东北师范大学历史系教授