三主要内容及编纂体例（第2页）
遵循上述原则，《明儒学案》在具体的编纂体例上，虽各卷编次未尽全然一致，但大体说来，除个别学案之外，各学案皆是一个三段式的结构。即卷首冠以总论，继之则是案主传略，随后再接以案主学术资料选编。三段分行，浑然一体，各家学术风貌洞若观火。
卷首总论，文字或短或长，短者数十、百余字，长者不过数百、近千字，或述学术承传，或谈论学宗旨，意在说明案主学术在一代理学史上的地位。譬如卷一《崇仁学案》，总论不过百余字，吴与弼及其学派的基本面貌，朗然描绘出来。先之以“康斋倡道小陂，一禀宋人成说。言心则以知觉，而与理为二，言工夫则静时存养，动时省察。故必敬义夹持，明诚两进，而后为学问之全功”。这段话讲的是吴氏的宋学特征。继之述“其相传一派，虽一斋、庄渠稍为转手，终不敢离此矩矱也”，则说明吴氏之学传至娄谅、魏校，它虽略有变化，但终未出其宋学范围。接着再论“白沙出其门，然自叙所得，不关聘君，当为别派”，是在说陈献章虽学出吴门，但融师说为我有而再加发挥，已然别辟蹊径，另创学派。最终结以“于戏！椎轮为大辂之始，增冰为积水所成，微康斋，焉得有后时之盛哉”，则道出了吴氏学术的历史地位。吴与弼为娄谅师，娄谅又为王守仁师，这就是说，倘若没有吴与弼，又岂能有日后阳明学的大盛局面呢！又如卷9《三原学案》，总论最短，仅寥寥数十字：“关学大概宗薛氏，三原又其别派也。其门下多以气节著，风土之厚，而又加之学问者也。”然而明代关学之渊源河东薛瑄，由王恕而创为别派，一方学者又受传统地域文化影响，合学问与气节为一诸基本特征，则皆在其中。再如卷10之《姚江学案》、卷62之《蕺山学案》，其总论皆全书之最长，几近千字。尺短寸长，异曲同工，也无非是要说明：“无姚江，则古来之学脉绝矣”；“若吾先师，则醇乎其醇矣”。
案主传略，文字亦多寡不一，短者数百言，长者则上千言。就传文内容言，先述传主生平行履，后论学术风貌，行履之与论学，一般各占一半篇幅。如果说案主行履的结撰，有历朝实录及碑志传状一类文字可据，尚属并不十分困难的话，那么讨论学术的篇幅，则多无现成文字参考，因之最费斟酌，而亦最能显示著者功力。譬如卷5《白沙学案》之陈献章传，文凡1400余字，而讨论传主学术占至全篇二分之一。700余字间，既论陈白沙学术宗旨，又评其在一代学术史中的地位，且兼辩其学近禅的指责。其中，尤以辩陈献章学术之非禅学，文字最多。黄宗羲首先考察了这一指责的由来，将其归结为两个方面，一是人云亦云的庸俗之辈，二是罗钦顺的误会。对于前者，他说：“圣学久湮，共趋事为之末，有动察而无静存，一及人生而静以上，便邻于外氏。此庸人之论，不足辨也。”而对于后者，黄宗羲先是引述罗钦顺的訾议，随后对罗氏议论批评道：“缘文庄终身认心性为二，遂谓先生明心而不见性。此文庄之失，不关先生也。”传末，再引白沙弟子张诩论其师学术语为据，断言：“先生之学，自博而约，由粗入细，其于禅学不同如此。”
又如卷10《姚江学案》之王守仁传，讨论传主学术的内容近千言。其中，对于王氏为学的演变过程，传文归纳为：“先生之学，始泛滥于词章，继而遍读考亭之书，循序格物，顾物理吾心终判为二，无所得入。于是出入于佛、老者久之。及至居夷处困，动心忍性，因念圣人处此，更有何道？忽悟格物致知之旨，圣人之道，吾性自足，不假外求。其学凡三变而始得其门。自此以后，尽去枝叶，一意本原，以默坐澄心为学的。……江右以后，专提‘致良知’三字，默不假坐，心不待澄，不习不虑，出之自有天则。……居越以后，所操益熟，所得益化，时时知是知非，时时无是无非，开口即得本心，更无假借凑泊，如赤日当空而万象毕照。是学成之后，又有此三变也。”关于王守仁学说演化过程的这一叙述，虽然并非黄宗羲的发明，但是经他如此归纳而载入《明儒学案》，遂成为尔后讨论阳明学说形成问题的不刊之论。
学术资料选编，在各学案中，所占比重皆最大，一部《明儒学案》，此类资料已占至全书三分之二以上篇幅。所辑资料，以反映案主学术风貌为准绳，依类编次，大体以语录为主，兼及论说、书札与其他杂著。凡所辑录，皆注明书名、篇名，以示征信。其间，亦略加按语，以作评论或提示。就全书而论，卷10《姚江学案》、卷58至卷61《东林学案》以及卷62《蕺山学案》，所辑资料最为系统、翔实，亦最具典型意义。关于《蕺山学案》所录资料，前面已经谈过，恕不赘述。在此，仅就《姚江》、《东林》二学案，来作一些讨论。
《姚江学案》所辑录资料，源出刘宗周崇祯十二年所辑《阳明传信录》。原录凡作《语录》、《文录》、《传习录》3个部分，卷首且有宗周跋语一篇。黄宗羲撰《明儒学案》，取以入《姚江学案》，合《语录》、《文录》为一，统以《语录》标题。所录凡作《语录》、《传习录》两部分，案主“致良知”说精要，囊括无遗。治阳明学而以此为依据，即可得其梗概。尤有可述者，辑录资料中多载刘宗周按语，或提示，或评论，于了解和把握阳明学实质，多所裨益。譬如《语录》部分，首条所录《与辰中诸生》语，刘宗周按云：“刊落声华，是学人第一义。”《与王纯甫》条，亦有如下按语：“先生恢复心体，一齐俱了，真是大有功于圣门，与孟子性善之说同。”《答顾东桥》条，以按语归纳云：“良知之说，只说得个即心即理，即知即行，更无别法。”类似的评论，还见于《答聂文蔚》条按语，即：“致良知，只是存天理之本然。”关于阳明学的渊源，刘宗周于《与马子莘》条中，重申了远宗程颢的见解，他说：“此是先生的派明道处。”凡此，皆属对阳明学的阐释表彰。而在若干按语中，亦有对阳明学的具体商榷。譬如《语录》所辑《答周道通》条，刘宗周按语即称：“先生之见，已到八九分。但云性即是气，气即是性，则合更有商量在。”又如《传习录》部分，于《格物无间动静》条后，即载有刘宗周大段商榷语。按语云：“此是先生定论。先生它日每言，意在于事亲，即事亲为一物云云。余窃转一语曰，不在于事亲时是恁物？先生又曰，工夫难处全在格物致知上，此即诚意之事。意既诚，大段心亦自正，身亦自修。但正心、修身工夫亦各有用力处，修身是已发边，正心是未发边，心正则中，身修则和云云。先生既以良知二字冒天下之道，安得又另有正修工夫？只因将意字看作已发，故工夫不尽，又要正心，又要修身。意是已发，心是未发，身又是已发。先生每讥宋学支离而躬自蹈之，千载而下，每欲起先生于九原质之而无从也。”
由于刘宗周不赞成王门四句教，认为它是王畿的杜撰，因而不惟通篇不录“天泉证道”语，而且还于资料选辑终篇时，详加按语云：“先生每言，至善是心之本体。又曰，至善只是尽乎天理之极，而无一毫人欲之私。又曰，良知即天理。录中言天理二字，不一而足。有时说无善无恶者理之静，亦未尝径说无善无恶是心之体。若心体果是无善无恶，则有善有恶之意又从何处来？知善知恶之知又从何处来？为善去恶之功又从何处起？无乃语语断流绝港乎！”因此，刘宗周反其道而行之，指出：“蒙因为龙溪易一字，曰：心是有善无恶之心，则意亦是有善无恶之意，知亦是有善无恶之知，物亦是有善无恶之物。”足见，《明儒学案》中的学术资料选编，并非漫无别择、不慎去取，著者的学术倾向，即在资料编选之中。
《东林学案》是黄宗羲用力最勤的学案之一，其父尊素亦在该学案中。案内所辑资料甚富，皆经宗羲精心排比。即以卷58之高攀龙学术资料为例，所选已达8类之多，依次为《语》、《札记》、《说》、《辨》、《论学书》、《杂著》、《讲义》、《会语》。这些资料辑自案主卷帙浩繁的《高子遗书》中，有一个十分鲜明的特点，即并不避讳案主对阳明学的尖锐批评。譬如《论学书》一类，所载《答方本庵》有云：“阳明先生于朱子格物，若未尝涉其藩者。其致良知，乃明明德也，然而不本于格物，遂认明德为无善无恶。故明德一也，由格物而入者其学实，其明也即心即性。不由格物而入者其学虚，其明也是心非性。心性岂有二哉？则所从入者有毫厘之辨也。”《杂著》一类，类似指斥阳明学弊病者更多。所载《崇文会语序》云：“姚江之弊，始也扫闻见以明心耳，究而任心而废学，于是乎《诗》、《书》、《礼》、《乐》轻而士鲜实悟。始也扫善恶以空念耳，究且任空而废行，于是乎名、节、忠、义轻而士鲜实修。”《尊闻录序》同样斥阳明学流弊云：“《论语》二十篇，不言心。第两言之，曰其心三月不违仁，曰从心所欲不逾矩。是则因有违仁、逾矩之心矣。自致良知之宗揭，学者遂认知为性，一切随知流转，张皇恍惚。其以恣情任欲，亦附于作用变化之妙，而迷复久矣。”关于阳明学说的形成和演化过程，高攀龙的描述，与王门中人多有异同。学案辑其《三时记》语云：“余观文成之学，盖有所从得。其初从铁柱宫道士得养生之说，又闻地藏洞异人言周濂溪、程明道是儒家两个好秀才。及娄一斋与言格物之学，求之不得其说，乃因一草一木之说，格及官舍之竹而致病，旋即弃去。则其格致之旨，未尝求之，而于先儒之言，亦未尝得其言之意也。后归阳明洞习静导引，自谓有前知之异，其心已静而明。后谪龙场，万里孤游，深山夷境，静专澄默，功倍寻常，故胸中益洒洒，而一旦恍然有悟。是其旧学之益精，非于致知之有悟也。特以文成不甘自处于二氏，必欲篡位于儒宗，故据其所得，拍合致知，又装上格物，极费工力。所以左笼右罩，颠倒重复，定眼一觑，破绽百出也。”
诋王守仁“欲篡位于儒宗”，这样的批评不可谓不严厉。而学案中《会语》一类，则同样将阳明学排斥于“圣学”正统之外。始而谓：“圣学正脉，只以穷理为先，不穷理便有破绽。”继之则明言：“一向不知象山、阳明学问来历，前在舟中，似窥见其一斑。二先生学问，俱是从致知入。圣学须从格物入，致知不在格物，虚灵知觉虽妙，不察于天理之精微矣。岂知有二哉？有不致之知也。毫厘之差在此。”所有这些资料的辑录，皆说明《明儒学案》的结撰，确实贯彻了黄宗羲于卷首《发凡》所云：“此编所列，有一偏之见，有相反之论。学者于其不同处，正宜着眼理会，所谓一本而万殊也。”这样的编纂原则，无疑是很可贵的。
[1]黄宗羲：《明儒学案》卷首《师说·罗整庵钦顺》。
[2]黄宗羲：《明儒学案》卷10《姚江学案》。
[3]黄宗羲：《明儒学案》卷12《浙中王门学案二》。
[4]黄宗羲：《明儒学案》卷16《江右王门学案一》。
[5]黄宗羲：《明儒学案》卷31《泰州学案一》。
[6]黄宗羲：《明儒学案》卷37《甘泉学案一》。
[7]黄宗羲：《明儒学案》卷43《诸儒学案一上》。
[8]黄宗羲：《明儒学案》卷58《东林学案一·顾宪成传》。
[9]黄宗羲：《明儒学案》卷58《东林学案一·高攀龙传》。
[10]黄宗羲：《明儒学案》卷62《蕺山学案·总论》。
[11]黄宗羲：《明儒学案》卷62《蕺山学案·刘宗周传》。